Bajo el santuario de la Patrona de Lorca, la Virgen de las Huertas, se erigen los restos de un palacio califal de finales del siglo X y principios del XI. De manera casual apareció un muro de mampostería construido a soga y tizón, con 4 arcos pintados en rojo y blanco, como la mezquita de Córdoba, con arcos lobulados. Se han encontrado también restos funerarios, pinturas murales, una moneda acuñada en Tánger en el siglo VII u VIII y un altar con un friso del siglo XV. (Es una Piedad, que pudo corresponder al tímpano de la principal puerta de acceso al templo y que representa a la Virgen con el Cristo muerto y a ambos lados un San Juan y una Magdalena) .
Sobre estos restos abandonados, y que fue sede del campamento militar de Alfonso X el Sabio, en su conquista del reino nazarí de Granada, en 1244 se empezó a construir encima, el convento franciscano. En el siglo XVII hubo una gran riada, quedando las estructuras en ruinas. Las evidencias de esta riada se han documentado en la excavación arqueológica, en un potente depósito de limos de color rojizo, que se pueden apreciar cuando se visitan los restos. Para asentar la nueva estructura se rellenó con los escombros del edificio anterior, perteneciente a una de las capillas de la antigua iglesia. Parte de esta escalera se apoya en el paramento islámico, para lo cual se tuvieron que desmontar algunos sillares del mismo que fueron reutilizados en el relleno.
